申請に対する審査は、「熊本市指定自立支援医療機関（精神通院医療）指定要領」に基づき、こころの健康センターで行います。審査の結果については、文書で通知いたします。
なお、指定については、毎月20日（20日が閉庁日の場合は、以降最初の開庁日）までにこころの健康センターへ届いた申請書を審査し、適正であると認めた時は、翌月1日付けで指定します。
また、指定を受けた医療機関は、「指定自立支援医療機関（精神通院医療）療養担当規程」により、自立支援医療（精神通院医療）の適正な実施に努めることが条件となります。
■申請に必要な書類
【病院・診療所】
・様式第1号（その1）指定自立支援医療機関（精神通院医療）指定申請書
・様式第1号（その1）付表 主として担当する医師の経歴
・医師免許証の写し
・病院の平面図
【薬局】
・様式第1号（その2） 指定自立支援医療機関（精神通院医療）指定申請書
・様式第1号（その2）付表 主として担当する薬剤師の経歴
・薬剤師免許証の写し
・薬局の平面図
【訪問看護ステーション】
・様式第1号（その3）指定自立支援医療機関（精神通院医療）指定申請書
・様式第1号（その3）付表 職員の定数
・指定通知書の写し
届出事項変更届（届出内容の変更があったとき）
医療機関の名称・所在地、開設者の氏名又は名称・住所、標榜している診療科目（病院・診療所のみ）、主として担当する医師・薬剤師、医療機関コード等に変更があった場合には、届出が必要です。
※直近の指定申請、変更届時点から変更が生じていない事項に係る添付書類は省略できます。
■申請に必要な書類
【病院・診療所】
・様式第3号（その1）指定自立支援医療機関（精神通院医療）届出事項変更届出書
・様式第3号（その1）付表 主として担当する医師の経歴書
・変更が確認できる書類（登記等の写し等）
・医師免許証の写し
【薬局】
・様式第3号（その2） 指定自立支援医療機関（精神通院医療）届出事項変更届出書
・様式第3号（その2） 付表 主として担当する薬剤師の経歴書
・変更内容が確認できるもの（登記等の写し、平面図等）
・薬剤師免許証の写し
【訪問看護ステーション】
・様式第3号（その3）指定自立支援医療機関（精神通院医療）届出事項変更届出書
・様式第3号（その3）付表 職員の定数
・変更内容が確認できるもの（登記等の写し等）
・付表 職員の定数
更新申請（指定更新の申請をするとき）
障害者総合支援法第60条の規定に基づき、指定自立支援医療機関の指定については、6年ごとにその更新を受けなければ、効力が失われることとされています。
※直近の指定申請、変更届時点から変更が生じている場合、併せて「指定自立支援医療機関（精神通院医療）届け出事項変更届出書」の提出が必要 です。
※自立支援医療（精神通院医療）の質の確保と制度の適正化を目的として、熊本市指定自立支援医療機関指導監査等実施要綱を制定しました。（令和4年6月1日施行）。これに伴い、令和4年度より、すべての指定自立支援医療機関に対して、指定更新時に自己点検表を提出していただくことになりますので、ご理解とご協力をお願いいたします。また、自己点検表の結果をもとに更新の可否を判断することとなります。
■申請に必要な書類
【病院・診療所】
・様式第5号（その1）指定自立支援医療機関（精神通院医療）指定更新申請書
・様式第5号（その1）付表 主として担当する医師の経歴
様式第5号（その1）指定自立支援医療機関(精神通院医療)指定更新申請書（病院・診療所） 
・医師免許証の写し
・様式第1-2号 指定自立支援医療機関（精神通院）自己点検表（病院または診療所）
・様式第4号 指定自立支援医療機関自己点検表改善方針（必要時のみ）
【薬局】
・様式第5号（その2）指定自立支援医療機関（精神通院医療）指定更新申請書
・様式第5号（その2）付表 主として担当する薬剤師の経歴
・薬剤師免許証の写し
・様式第2号 指定自立支援医療機関自己点検表（薬局）
・様式第4号 指定自立支援医療機関自己点検表改善方針（必要時のみ）
【訪問看護ステーション】
・様式第5号（その3）指定自立支援医療機関（精神通院医療）指定更新申請書
・様式第5号（その3）付表 職員の定数
・様式第3号 指定自立支援医療機関自己点検表（訪問看護）
・様式第4号 指定自立支援医療機関自己点検表改善方針（必要時のみ）