合併の日から5年間（平成27年3月22日まで）、城南地域に「城南町合併特例区」が設置されました。
合併特例区は、法人格を持つ特別地方公共団体であり、特別職の区長が置かれ、独自の予算を編成し合併特例区独自の事務事業が行なわれます。
また、合併特例区には、「合併特例区協議会」が設置され、その構成員（16名以内）は、城南地域に住所を有し、かつ、熊本市議会議員の被選挙権を有する者のうちから熊本市長が選任します。
区長は、予算、決算の認定、規約の変更、合併特例区規則の制限等の重要事項に関しては、合併特例区協議会の同意を得なければなりません。
一方、合併特例区協議会は、諮問事項、その他の事項について熊本市長等に意見を述べることができます。
なお、合併特例区では独自の職員採用はできませんので、合併特例区の職員は、熊本市南区役所城南総合出張所及び西部土木センター城南地域整備室の職員が兼務しています。
≪城南町合併特例区の処理する事務・事業≫
○コミュニティ関連施策
- ・自治活動（嘱託員会）支援事業
- ・体育協会活動支援事業
- ・文化協会活動支援事業
- ・防犯パトロール隊活動支援事業
- ・水環境整備活動支援事業
○地域教育支援事業
- ・人材育成活動助成事業
- ・人権教育啓発事業（人権フェスタ）
※合併特例法に基づく、新市基本計画の進行管理を行う