特定配当等及び特定株式等譲渡所得金額に係る所得については、所得税と個人市民税・県民税（住民税）とで課税方式を選択することができます。
個人住民税配当割の制度において、特定配当等のうち、特定上場株式等の配当等については、「所得税」、「個人市民税・県民税（住民税）」ともに
（1）申告不要（源泉徴収及び配当割の特別徴収により完結）
（2）総合課税
（3）申告分離課税
のいずれかを選択できるとされているところでしたが、平成29年度の税制改正に伴い、
「所得税の確定申告書」と「個人市民税・県民税（住民税）申告書」が双方とも提出された場合には、
「個人市民税・県民税（住民税）申告書」に記載された事項を基に、市町村長が課税できることが明確にされました。
また、株式等譲渡所得割の制度においても、特定株式等譲渡所得金額に係る所得について、「所得税」、「個人市民税・県民税（住民税）」ともに
（1）申告不要（源泉徴収及び株式等譲渡所得割の特別徴収により完結）
（2）申告分離課税
のいずれかを選択できるとされているところでしたが、こちらも同様の改正がなされました。
このことにより、納税通知書が送達される日（※）までに、「個人市民税・県民税（住民税）申告書」にて
「確定申告を行った上場株式等に係る配当所得・譲渡所得について、市民税・県民税の申告は行わない」旨の欄にチェックを付けて、
提出していただくことで、「所得税」と「個人市民税・県民税（住民税）」で異なる課税方式を選択することができます。
（併せて配当所得・譲渡所得が上場株式等とわかる書類（年間取引報告書や確定申告書の控等・コピーでも可）の提出も必要です）
※熊本市の場合は、例年次の時期に通知書を発送しております。
・給与所得に係る特別徴収の通知書：5月15日前後
・普通徴収及び年金所得に係る特別徴収の通知書：6月10日前後
（注）申告期限（3月15日）を過ぎて、納税通知書の送達までに申告書が提出された場合は、上記時期に発送する通知書に
その内容が反映されない場合がございます。その場合は、後日、申告書の内容を反映した通知書を改めて送付いたします。
★申告方法等については、「個人市民税・県民税（住民税）の申告について
」のページをご確認ください。
申告によって国民健康保険料や介護保険料等の行政サービスの算定に影響がある場合があります。
申告不要とされている特定配当等に係る所得及び特定株式等譲渡所得を総合課税の方式で申告した場合、それらが合計所得金額に加算されます。
これにより、税計算においては、配当控除の制度を使うことができる一方、国民健康保険料や介護保険料等の行政サービスにおける所得金額の
算定においては、影響がある場合がありますので、ご注意ください。