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日本脳炎ウイルスの感染で起こります。ヒトからヒトへ感染するのではなく、ブタなどの動物の体内でウイルスが増え、コガタアカイエカなどを介してヒトに感染します。潜伏期間が6～16日間あり、感染しても発症が軽い場合がほとんどです。症状が出る場合は、高熱、頭痛、意識障害、けいれんなどが起きます。ただ、100～1,000人に1人の割合で、髄膜脳炎や脊髄炎などを発症することがあり、高い確率で死亡したり後遺症が残ることがあります。
日本脳炎ワクチンをめぐっては、平成17年(2005年)5月にマウス脳による製法のワクチンで接種後に重症ADEM（急性散在性脳脊髄炎）を発症した事例があったため、接種の積極的な勧奨を差し控えていました。しかし、平成21年(2009年)6月より、「乾燥細胞培養日本脳炎ワクチン」が使えるようになり、積極的な勧奨も再開されました。
ワクチンの種類によっても異なりますが、接種部位が赤く腫れたり、しこり、発疹などが比較的高い頻度で認められます。通常、数日以内に治るので心配の必要はありません。
平成17年度（2005年度）から平成21年度（2009年度）までの積極的勧奨の差し控えにより予防接種を受ける機会を逃した方は、未接種回数分（不足回数に応じて最大4回まで）を無料で受けることができます。
生年月日による日本脳炎予防接種特例措置
生年月日
1回目の接種日
接種間隔
平成7年(1995年)4月2日
～平成19年(2007年)4月1日で、
20歳未満
1期2回目・・・・6日以上追加 ・・・・・・6日以上2期 ・・・・・・6日以上（1期と2期の接種間隔は、可能であれば概ね5年。なお、1期初回1回目と2回目が5年以上空いている場合は、概ね1年が望ましい。）
1期2回目・・・・6日以上（標準的には28日まで）追加 ・・・・・・6ヶ月以上（可能であれば概ね1年） 2期 ・・・・・・6日以上（1期と2期の接種間隔は、可能であれば概ね5年。なお、1期初回1回目と2回目が5年以上空いている場合は、概ね1年が望ましい。）
熊本市では、予防接種の際、原則として保護者同伴をお願いしています。
ただし、次に該当する場合で、やむを得ず保護者が同伴できないときは、熊本市のホームページや厚生労働省作成のリーフレットをお読みいただき、ワクチンの効果やリスク、接種後の注意などを十分ご理解いただいた上で、保護者が署名をした「接種同意書」を実施医療機関にお持ちください。
・接種を受ける者が13歳以上であること。
・保護者が接種について十分理解していること。
・保護者と本人が相談の上で予診票の質問項目に回答していること。
・同意書（日本脳炎予防接種同意書）及び予診票の保護者自署欄に署名していること。
※16歳以上18歳未満のお子様は、法律上は保護者の同意なく接種することができますが、できるだけ保護者の同意を得てから接種するようお
願いします。
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