ア　指定の更新

　指定を受けた日の翌日の初日から起算して5年を経過する日(期間満了日といいます。)以後引き続き指定を受けたい場合は、更新の申出が必要です。期間満了日の9月前から6月前までに更新の申出書等をあいぽーとにご提出ください。
　なお、更新時にも初回の申出時と同様の審査期間を要します。お早めの書類の作成及び提出を行ってください。

イ　指定後の手続等

（1）役員報酬規程等の提出
　毎事業年度初めの3ヵ月以内に、役員報酬や職員給与の支給に関する規程や前事業年度の収益の明細に関する書類等を市に提出しなければなりません。

（2）助成金及び海外送金等の報告
　指定NPO法人は、助成金の支給を行ったときには、以下の書類を作成し、市長に提出しなければなりません。

（3）役員報酬規程等の備置き、情報の公開等
　指定NPO法人は、（1）で市に提出した書類や指定の申出書に添付した書類等を法人の事務所に備え置くとともに、閲覧や謄写の請求があったときは、事務所において閲覧又は謄写させなければなりません。

（4）寄附金について
　寄附した個人が個人市民税の税額控除を受けるためには、熊本市の税務担当窓口に申告する必要がありますが、その申告には、寄附金を受け入れた際に寄附者に交付する「寄附金受領証明書（領収書）」の添付が必要となります。
　この「寄附金受領証明書（領収書）」には、寄附者の住所及び氏名や受領金額、受領年月日、受領者である法人の名称及び主たる事務所の所在地等の記載が必要です。
　また、寄附者の氏名及び住所、寄附金額、受領年月日等を記載した「寄附者名簿」を事業年度ごとに作成し、保存しておく必要があります。

（5）認定NPO法人の申請について
　法人が認定NPO法人の申請を行う場合は、申請日の前日において、指定特定非営利活動法人として条例で定められており、かつ、当該条例による指定の効力が生じていなければなりません。