児童生徒が自主的に判断・行動し、積極的に自己を生かしていく力を育成するために、愛情と信頼に基づく人間関係の構築と、望ましい教育環境の実現に努めるとともに、学校や家庭・地域社会及び関係諸機関との連携・協力を積極的に図っている。
特に、いじめの未然防止、不登校等の児童生徒に対するかかわりや支援、問題行動等を繰り返す児童生徒への指導・支援、教育相談の充実等に重点的に取り組んでいる。
熊本市いじめ防止基本方針
平成29年(2017年)3月に、文部科学省の「いじめ防止等のための基本的な方針」が改定されたことを受け、本市でも平成30年(2018年)1月に「熊本市いじめ防止基本方針」を改定した。令和6年（2023年）8月には、文部科学省の「いじめの重大事態の調査に関するガイドライン」が改訂されたため、令和7年（2024年）3月に「熊本市いじめ防止等基本方針」を改定した。
本市は、いじめのない学校を目指し、学校・家庭・地域が互いの役割と責任を強く自覚していじめの未然防止に努めている。
また、熊本市立のすべての小・中・高等学校、特別支援学校が策定している「学校いじめ防止基本方針」を平成30年度(2018年度)に改定した。
スクールカウンセラー（SC）
いじめ・不登校・暴力行為などの児童生徒の課題に関して、専門的カウンセリング等による対応を行っている。
平成9年度(1997年度)から平成23年度(2011年度)までは県から配置されていたが、平成24年度(2012年度)からは、本市が実施主体となり、事業の充実を図っている。平成28年度(2016年度)は、熊本地震の発生に伴い、日本臨床心理士会の協力を得て、対応が必要なすべての小中学校にスクールカウンセラーの配置を行った。
平成29年度(2017年度)からは、全中学校42校を拠点校としてスクールカウンセラーを配置し、すべての小中学校に対応できる体制を整えた。
令和4年度(2022年度)からは全小中学校に加え、熊本市立の特別支援学校、フレンドリーオンラインに配置した。また、令和5年度(2023年度)からは、それに加え、幼稚園、教育支援センターに配置した。
SCの相談件数及び配置時間数| | 令和2年度 | 令和3年度 | 令和4年度 | 令和5年度 | 令和6年度 | 令和7年度 |
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| 延べ相談件数 | 10,489件 | 13,083件 | 13,125件 | 12,699件 | 11,577件 | 11,715件 |
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うち通常対応 | 7,389件 | 11,459件 | 12,406件 | 12,294件 | 11,577件 | 11,715件 |
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うち地震対応 | 3,100件 | 1,624件 | 719件 | 405件 | 0件 | 0件 |
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| 配置時間数（通常） | 6,739時間 | 11,435時間 | 11,989時間 | 11,430時間 | 11,795時間 | 12,898時間 |
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| 配置時間数（地震） | 2,626時間 | 1,462時間 | 735時間 | 368時間 | 0時間 | 0時間 |
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| SC人数 | 42人 | 51人 | 48人 | 48人 | 48人 | 50人 |
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※通常対応は国1/3補助事業、地震対応は国10/10補助事業
平成28年熊本地震に伴うカウンセリングが必要な児童生徒数調査| 年度 | 実施日 | 人数 |
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| 平成28年度 | 5/13 | 2,143 |
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| | 6/3 | 1,834 |
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| | 7/7 | 1,159 |
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| | 9/21 | 828 |
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| | 12/1 | 602 |
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| | 2/23 | 465 |
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| 平成29年度 | 6/15 | 834 |
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| | 11/9 | 961 |
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| | 2/22 | 953 |
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| 平成30年度 | 6/20 | 799 |
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| | 11/15 | 837 |
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| | 2/15 | 874 |
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| 令和元年度 | 6/14 | 860 |
|---|
| | 10/31 | 446 |
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| | 1/31 | 425 |
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| 令和2年度 | 7/28 | 249 |
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| | 10/1 | 205 |
|---|
| | 1/31 | 171 |
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| 令和3年度 | 6/30
| 108 |
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| | 11/2 | 90 |
|---|
| | 2/18 | 74 |
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| 令和4年度 | 6/23 | 50 |
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| | 11/8 | 35 |
|---|
| | 2/20 | 38 |
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| 令和5年度 | 6/21 | 28 |
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| | 11/17 | 29 |
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| | 2/7 | 29 |
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| 令和6年度 | 6/24 | 21 |
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| | 11/8 | 18 |
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| | 2/18 | 11 |
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※令和7年度は、平成28年度熊本地震に伴うカウンセリングが必要な児童生徒数調査は実施していない。
新型コロナウイルス感染症に伴うカウンセリングが必要な児童生徒数調査| 年度 | 実施日 | 人数 |
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| 令和2年度 | 7/28 | 557 |
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| | 10/1 | 304 |
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| | 1/31 | 266 |
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| 令和3年度 | 6/30
| 115 |
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| | 11/2 | 112 |
|---|
| | 2/18 | 131 |
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| 令和4年度 | 6/23 | 169 |
|---|
| | 11/8 | 108 |
|---|
| | 2/20 | 85 |
|---|
| 令和5年度 | 6/21 | 31 |
|---|
| | 11/17 | 30 |
|---|
| | 2/7 | 19 |
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| 令和6年度 | 6/24 | 9 |
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| | 11/8 | 8 |
|---|
| | 2/18 | 5 |
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※令和7年度は、新型コロナウイルス感染症に伴うカウンセリングが必要な児童生徒数調査は実施していない。
心のサポート相談員
平成16年(2004年)4月から「心のサポート相談員配置事業」として、児童生徒が悩み等を気軽に話せ、ストレスを和らげることができるような地域の人材を、相談員として配置している。平成30年度(2018年度)から、小学校40校に配置している。（国1／3補助事業）
延べ相談件数
- 令和2年度 6,213件
- 令和3年度 5,872件
- 令和4年度 5,882件
- 令和5年度 7,328件
- 令和6年度 7,345件
- 令和7年度 7,029件
ユア・フレンド
平成14年(2002年)4月から、熊本市教育委員会と熊本大学教育学部の連携協力の一つとして実施している。
不登校等の児童生徒に対し、ユア・フレンドとして登録した熊本大学教育学部の学生を、小・中学校からの派遣依頼に応じて、家庭や学校等に派遣し、話し相手・遊び相手になってもらう（※令和2年度以降は新型コロナウイルス感染症拡大のため家庭派遣は休止していたが、令和5年7月より再開）
令和7年度(2025年度)は、243人（男子37人、女子206人）の学生がユア・フレンドとして登録し活動を行い、令和8年度（2026年度）は、250人（男子35人、女子215人）の学生が登録している。
令和7年度実績
派遣した学校数 81校（小学校：49校、中学校：32校）
派遣先児童生徒数の内訳（人）| 派遣先 | 小学校男子 | 小学校女子 | 小学校合計 | 中学校男子 | 中学校女子 | 中学校合計 |
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| 家庭 | 6 | 10 | 16 | 8 | 6 | 14 |
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| 学校（1対1） | 15 | 25 | 40 | 7 | 17 | 24 |
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| 学校（対複数） | 24 | 55 | 79 | 54 | 89 | 143 |
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| 合計 | 45 | 90 | 135 | 69 | 112 | 181 |
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派遣学生数の内訳（人）| 派遣先 | 家庭 | 校内1対1 | 校内複数 | フレンドリー | 合計 |
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| 男子学生 | 11 | 17 | 6 | 5 | 39 |
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| 女子学生 | 18 | 48 | 66 | 26 | 158 |
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| 合計 | 29 | 65 | 72 | 31 | 197 |
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総派遣回数 2,563回（令和6年度は2,800回）
※1：重複して派遣されている学生を含む
※2：本人の都合等により、96人（男子学生10人、女子学生86人）が未派遣