| 昭和27.11.1 | 熊本市教育委員会設立。所管小学校26、中学校12、幼稚園7、高等学校1、各種学校（商業実務養成所）1 |
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| 28.4.1 | 飽託郡御幸、田迎両村の本市編入に伴い御幸、田迎両小学校及び託麻中学校、当委員会所管となる。所管小学校28、中学校13 |
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| 7.1 | 飽託郡池上村、高橋町、城山村の1町2村の本市編入に伴い池上、高橋、城山各小学校並びに三和中学校当委員会の所管となる。所管小学校31、中学校14 |
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| 10.1 | 米国大使館所管CI図書館を引き継ぎ日本文化センター開館 |
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| 29.4.1 | 大江町に託麻原小学校を新設。所管小学校32 |
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| 10.1 | 上益城郡秋津村の本市編入に伴い秋津小学校当委員会所管となる。所管小学校33 |
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| 30.4.1 | 飽託郡松尾村の本市編入に伴い松尾東、松尾西、松尾北各小学校当委員会所管となる。所管小学校36 |
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| 31.4.1 | 水源町に泉ヶ丘小学校を新設。所管小学校37 |
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| 32.4.1 | 飽託郡小島町、龍田村の本市編入に伴い小島、龍田両小学校当委員会所管となる。所管小学校39 |
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| | 熊本市立高等学校に商業科（1年3学級、150名逐年1学年づつ設置）を併設、新町1丁目の旧藤園中学校舎にて授業開始 |
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| 33.4.1 | 保田窪本町に帯山小学校を新設、また飽託郡中島村の本市編入に伴い中島小学校、城西中学校当委員会所管となる。所管小学校41、中学校15 |
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| 34.4.1 | 熊本市立商業高等学校独立（学級数9、生徒定員450） |
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| | 商業実務員養成所を実務商業学校と改称 |
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| | 保田窪本町に設立されていた出水中学校帯山分教室独立して帯山中学校となる。所管中学校16 |
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| 35.4.1 | 白山町に白山小学校新設。所管小学校42 |
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| | 東原町に泉ヶ丘小学校分教室開設 |
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| 36.4.1 | 秋津町湖東中学校分教室開設 |
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| 37.4.1 | 泉ヶ丘小学校分教室及び湖東中学校分教室独立して若葉小学校及び東野中学校となる。所管小学校43、中学校17 |
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| 38.4.1 | 清水町に城北小学校新設。所管小学校44 |
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| 12.1 | 清水町に壺川小学校及び竜南中学校の分教室（特殊学校）開設 |
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| 39.4.1 | 健軍町に尾ノ上小学校新設。所管小学校45 |
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| 5.1 | 市立商業高等学校島崎町に移転 |
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| 41.4.1 | 新南部町に西原小学校新設。所管小学校46 |
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| | 壺川小学校及び竜南中学校の分教室の名称を城北小学校及び竜南中学校分校と改称 |
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| 9.1 | 健軍町に帯山中学校分教室を開設 |
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| 42.4.1 | 帯山中学校分教室独立して錦ヶ丘中学校となる。所管中学校18 |
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| | 清水町に高平台小学校新設。所管小学校47 |
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| 43.4. | 草葉町に中央公民館を新設 |
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| 45.4.1 | 楠町に楠小学校新設。所管小学校48 |
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| 11.1 | 飽託郡託麻村の本市編入に伴い託麻東、託麻西、託麻北の各小学校及び二岡、東部の両中学校当委員会所管となる。所管小学校51、中学校20 |
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| 46.4.1 | 秋津町に桜木小学校新設。所管小学校52 |
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| 10.1 | 島崎町にユース・ホステルを新設 |
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| 47.4.1 | 楠町に楠中学校を新設。所管中学校21 |
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| 7.17 | 教育委員会事務局機構改革実施。
庶務課を分割し、庶務課（庶務係、経理係）及び施設課（管理係、施設係）に、社会教育課を分割し、社会教育課（庶務係、成人教育係、文化係）、青少年課（青少年係、補導係）及び中央公民館（課相当）に再編、学校教育課に就学係を増設し、博物館に博物館建設準備室を設置。 |
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| 48.4.1 | 楠町に楠幼稚園新設。所管幼稚園8 |
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| | 東町に学校給食東共同調理場を新設 |
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| | 清水町に城北小分校、竜南中学校を統合して養護学校新設 |
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| 49.3.31 | 養護学校廃校 |
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| 4.1 | 東町に東町小学校新設。所管小学校53 |
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| | 養護学校廃校に伴い再び城北小学校、竜南中学校設置 |
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| 10.1 | 小島上町に西部公民館を新設 |
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| 50.8.15 | 池上町に金峰山少年自然の家を新設 |
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| 51.4.1 | 清水町に麻生田小学校を新設。所管小学校54 |
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| 5.1 | 川尻町に南部公民館を新設 |
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| 52.4.1 | 武蔵ヶ丘に武蔵小学校を新設。所管小学校55 |
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| | 保田窪本町に西原中学校新設。所管中学校22 |
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| 5.9 | 社会教育課（庶務課、成人教育係、文化係）を社会教育課（庶務係、成人教育係）及び文化課（文化係、文化財係）に分割 |
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| 9.1 | 健軍町に東部公民館を新設 |
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| 53.4.1 | 古京町に新博物館をオープン |
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| | 西原中学校内に学校給食西原共同調理場を新設 |
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| | 城西中学校内に学校給食城西共同調理場を新設 |
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| | 藤園中学校内に学校給食藤園共同調理場を新設 |
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| 4.3 | 学校教育課指導係を廃止し、指導課を設置 |
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| 6.12 | 学校建設校舎設置 |
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| 54.4.1 | 帯山に帯山西小学校を、健軍町に月出小学校を新設。所管小学校57 |
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| | 京陵中学校内に学校給食京陵共同調理場を新設 |
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| | 実務商業学校を実務商業専門学校と改称 |
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| 7.11 | 龍田町に龍田公民館を新設 |
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| 9.1 | 託麻中学校内に学校給食託麻共同調理場を新設 |
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| | 高江町に学校給食日吉共同調理場を新設 |
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| 55.4.1 | 出水に出水南小学校新設。所管小学校58 |
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| | 武蔵ヶ丘に武蔵中学校新設。所管中学校23 |
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| 4.11 | 次長制を廃止し部制導入（管理部、学校教育部、社会教育部） |
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| 56.4.1 | 武蔵中学校内に学校給食武蔵共同調理場を新設 |
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| | 長嶺町に託麻公民館を新設 |
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| 57.4.1 | 東町に健軍東小学校、南高江町に城南小学校を新設。所管小学校60 |
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| | 東町に東町中学校を新設。所管中学校24 |
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| 5.24 | 御幸笛田町に幸田公民館を新設 |
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| 11.1 | 大江6丁目に新図書館オープン |
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| 58.4.1 | 田迎町に田迎南小学校、龍田町に弓削小学校を新設。所管小学校62 |
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| | 出水7丁目に出水南中学校を新設。所管中学校25 |
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| | 出水南中学校内に学校給食出水南共同調理場を新設 |
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| | 五福幼稚園と熊本幼稚園を統合し、熊本五福幼稚園を新設。所管幼稚園7 |
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| 4.4 | 管理部を総務部に改称。社会体育課（振興係、施設係）を新設。社会保健課（体育係、保健係）を給食係、保健係に再編。社会教育課（庶務係、成人教育係）を管理係、振興係に再編。 |
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| 4.12 | 龍田町弓削に龍田体育館を新設 |
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| 59.4.1 | 長嶺町に託麻南小学校を新設。所管小学校63 |
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| 60.4.1 | 健軍町に山ノ内小学校を新設。所管小学校64 |
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| | 教育委員会事務局に総合体育館・青年会館建設管理室（部相当）を新設 |
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| 4.7 | 清水亀井町に清水公民館を新設 |
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| 7.1 | 秋津町に秋津公民館を新設 |
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| 12.24 | 熊本市社会教育振興事業団設立 |
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| 61.4.1 | 清水町に楡木小学校を新設。所管小学校65 |
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| | 熊本市体育館の管理運営を熊本市社会教育振興事業団へ委託 |
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| 7.1 | 出水2丁目に総合体育館・青年会館を新設（熊本市社会教育振興事業団へ管理運営を委託） |
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| 62.4.1 | 清水町に清水中学校を新設。所管中学校26 |
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| | 総合体育館・青年会館建設管理室を廃止 |
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| | 部制を廃止、次長制を導入 |
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| 7.16 | 南高江町に南部公民館を移転 |
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| 9.1 | 千葉城町に教育センターを新設 |
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| 63.4.1 | 上熊本3丁目に井芹中学校を新設。所管中学校27 |
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| | 熊本市立商業高等学校に情報処理科を新設 |
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| 7.11 | 大江6丁目に大江公民館を新設 |
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| 平成元.3.19 | 田迎町に田迎公園運動施設（浜線健康パーク）を新設、一部供用開始（熊本市社会教育振興事業団へ管理運営を委託） |
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| 4.1 | 庶務課の係を廃止し、主査制を導入。学校給食課（給食研修係、管理係）を新設。体育保健課（給食係、保健係）を体育係、保健係に再編 |
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| 2.4.1 | 同和教育指導室を新設 |
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| | 上熊本3丁目に学校給食井芹共同調理場を新設 |
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| 8.27 | 花園5丁目に花園公民館を新設 |
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| 3.2.1 | 飽託郡北部、河内、飽田、天明町の4町の本市編入に伴い、川上、西里、北部東、芳野、河内（白浜分校を含む）飽田東、飽田南、飽田西、中緑、銭塘、奥古閑、川口の各小学校、北部、芳野、河内、飽田、天明の各中学校、北部、飽田、天明の共同調理場及び北部（北部東分館含む）、飽田の公民館当委員会の所管となる。所管小学校77、中学校32、共同調理場13、公民館13 |
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| 4.1 | 実務商業専門学校を総合ビジネス専門学校と改称、学科（総合ビジネス科、経理科、経理第二科）を改編、上熊本に移転 |
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| | 長嶺町に長嶺小学校、長嶺中学校を新設。所管小学校78、中学校33 |
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| 4.15 | 細工町の五福地域開発センター内に五福公民館を新設。所管公民館14 |
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| 6.1 | 白藤町に南部総合スポーツセンターを新設、一部供用開始（熊本市社会教育振興事業団へ管理運営委託） |
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| 4.4.1 | 体育施設管理事務所を新設 |
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| | 庶務課を総務課に改称。施設課（管理係、施設係）を管理係、施設第一係、施設第二係に再編。文化課（文化係、文化財係）を文化係、施設係、埋蔵文化財係に再編。青少年課（青少年係、補導係）を育成係、指導係に再編 |
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| 5.4.1 | 教育次長を設置し、三部制（教育総務部、学校教育部、社会教育部）導入 |
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| | 島町に力合中学校、龍田町に龍田中学校を新設。所管中学校35 |
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| | 長嶺中学校内に学校給食長嶺共同調理場を新設 |
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| 6.1.15 | 旧細川刑部邸を一般開放。旧細川刑部邸管理事務所を新設 |
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| 4.1 | 近見町に日吉中学校、桜木2丁目に桜木中学校を新設。所管中学校37 |
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| | 龍田中学校隣接地に学校給食龍田共同調理場を新設 |
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| 7.3.26 | 新町1丁目に子ども文化会館をオープン |
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| 4.1 | 近見町に日吉東小学校を新設。所管小学校79 |
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| 7.1 | 元三4丁目に川尻武道館オープン |
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| 8.4.1 | （財）熊本市学校給食会設立 |
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| | 城南中学校地内に城南共同調理場を新設 |
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| 5.12 | 水前寺2丁目に後藤是山記念館オープン |
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| 9.4.1 | 教育企画課を新設、体育保健課、学校給食課を統合し、健康教育課（体育保健係、給食指導係、給食管理係）に再編 |
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| 4.20 | 南部総合スポーツセンター内にアーチェリー場、弓道場を新設、供用開始 |
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| 10.4.1 | 桜木6丁目に桜木東小学校を新設。所管小学校80 |
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| 7.1 | 熊本市ユース・ホステルを廃止 |
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| 11.4.1 | 青少年課事務の一部を市長部局に移管するとともに、社会教育課に統合し、青少年教育係を新設、文化課を文化財課に改称し、（文化係、施設係、埋蔵文化財係）を管理係、埋蔵文化財係に再編、学校教育課（管理係、就学係）を管理係、学事係に再編 |
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| 4.10 | 画図町に熊本市ゴルフ練習場を供用開始（熊本市社会教育振興事業団へ管理運営委託） |
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| 12.4.1 | 全国高等学校総合体育大会推進室を新設、金峰山少年自然の家を社会教育課内組織に再編、体育施設管理事務所を廃止し、社会体育課（振興係、計画係）を振興係、計画係、施設管理係に再編 |
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| | 熊本市立商業高等学校を熊本市立千原台高等学校と改称、商業科・情報処理科を普通科、情報科に改編 |
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| 13.4.1 | 健康教育課の給食指導係と給食管理係を給食係として統合、社会教育部を生涯学習部へ、社会教育課を生涯学習部へ改編、五福公民館を中央公民館のかい組織とし、同和教育指導室を人権教育指導室に改称 |
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| | 熊本市立高等学校を熊本市立必由館高等学校に改称、被服科を廃止 |
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| 14.4.1 | 学校教育課と指導課の一部を学務課（管理係、就学指導係）と教職員課（教職員係、学校サポート係）に改編 |
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| | 全国高等学校総合体育大会推進室を廃止 |
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| 15.4.1 | 上南部3丁目に託麻スポーツセンターを新設、一部供用開始（熊本市社会教育振興事業団へ管理運営委託） |
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| | 河内町の河内総合支所内に河内公民館を新設。所管公民館15 |
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| 16.3.31 | 熊本市ゴルフ練習場を廃止 |
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| 17.5.18 | 河内町野出に河内グラウンドを新設、供用開始 |
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| 6.30 | 芳野グラウンドを廃止 |
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| 18.4.1 | 熊本市総合体育館・青年会館、田迎公園運動施設、南部総合スポーツセンター、託麻スポーツセンター、熊本市総合屋内プールの指定管理者を指定 |
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| | 水前寺野球場・水前寺競技場の指定管理者を指定 |
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| | リデル、ライト両女史記念館の指定管理者を指定 |
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| 19.4.1 | 奥古閑町の天明総合支所内に天明公民館を新設 所管公民館16 |
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| | 藤園共同調理場及び日吉共同調理場の調理業務等を民間委託 |
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| 20.4.1 | 総務課、教育企画課を統合し、総務企画課（財政班、総務班、企画班）に再編 |
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| | 公民館16館を市民生活局まちづくり交流室で補助執行 |
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| | 子ども文化会館を子ども未来局へ所管変更 |
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| | 幼稚園7園を子ども未来局保育幼稚園課で補助執行 |
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| | 藤園共同調理場、日吉共同調理場、出水南共同調理場、井芹共同調理場及び長嶺共同調理場の調理業務を民間委託 |
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| 20.10.6 | 富合町の本市編入に伴い、富合小学校、富合中学校、富合共同調理場及び富合公民館が当委員会の所管となる。所管小学校81、中学校38、共同調理場17、公民館17 |
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| | 学校教育部に教育委員会富合分室を設置 |
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| 22.3.23 | 植木町、城南町の両町が本市編入に伴い、杉上、隈庄、豊田、植木、山本、田原、菱形、桜井、山東、吉松、田底の各小学校、下益城城南、鹿南、五霊、植木北の各中学校、植木共同調理場及び植木、城南の各公民館が当委員会の所管となる。所管小学校92、中学校42、幼稚園8、共同調理場18、公民館19 |
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| | 学校教育部に教育委員会植木分室及び城南分室を設置 |
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| 23.4.1 | 社会体育課を観光文化交流局へ移管。文化財課を観光文化交流局へ移管。うち、文化財保護及び活用、埋蔵文化財の発掘調査に関すること、夜間開放学校施設の使用許可に関することを観光文化交流局へ補助執行 |
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| 24.4.1 | 教職員課を再編し、総合支援課を新設。教育相談室を総合支援課のかい組織として新設 |
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| | 生涯学習課を企画振興局、健康福祉子ども局へ移管。野外教育施設（金峰山少年自然の家、あそ教育キャンプ場）の移管。部制を廃止。総務企画課を教育政策課へ名称変更するとともに学校経理業務を学務課へ移管。3分室（富合、城南、植木）を廃止 |
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| | 児童福祉法第48条に基づく学校教育導入に伴い児童自立支援施設熊本県立清水が丘学園内に京陵中学校清水が丘分校を新設 |
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| 25.4.1 | 南区馬渡2丁目に田迎西小学校を新設。所管小学校93 |
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| 26.3.1 | 南区城南町舞原に城南図書館開館 |
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| 4.1 | 南区荒尾1丁目に力合西小学校を新設。所管小学校94 |
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| 27.4.1 | 富合公民館図書室を企画振興局生涯学習推進課から市立図書館へ分館として移管し、とみあい図書館へ名称変更 |
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| | 教育政策課特別支援学校班及び総合支援課特別支援教育班を統合し、総合支援課特別支援教育室に再編 |
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| 28.4.1 | 北区龍田陳内2丁目に龍田西小学校を新設。所管小学校95 |
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| | 全庁的な部制の復活により、教育総務部及び学校教育部を新設。市長事務部局で所管する青少年教育及び野外教育施設（金峰山少年自然の家、あそ教育キャンプ場）を教育委員会へ移管し、青少年教育課を新設。市立幼稚園8園の管理運営を教育委員会へ移管 |
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| 4.14,16 | 平成28年熊本地震発生、全市立学校が休校 |
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| 5.10 | 全市立学校にて学校再開 |
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| 29.4.1 | 松尾東小学校、松尾西小学校、松尾北小学校が小島小学校に統合、所管小学校92 |
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| | 南区平成2丁目に平成さくら支援学校を新設。所管特別支援学校1 |
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| | あそ教育キャンプ場を廃止 |
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| 30.4.1 | 河内小学校白浜分校が河内小学校へ統合 |
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| | 熊本五福幼稚園、古町幼稚園を民間移譲、所管幼稚園6 |
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| | 全国高校総体推進室を健康教育課のかい組織として新設。教育情報室を教育センターのかい組織として新設 |
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| 12.1 | 熊本博物館がリニューアルオープン |
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| 31.4.1 | 学校改革推進室を教育政策課のかい組織として新設 |
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| 4.15 | 金峰山少年自然の家において全棟にわたる屋根の不具合が判明し受け入れを中止 |
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| 4.18 | 川尻幼稚園にて「あゆみの教室」を開校 |
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| 令和2.3.2 | 新型コロナウイルス感染症の感染拡大に伴い、全市立学校が休校 |
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| 4.1 | 学校改革推進室及び全国高校総体推進室を廃止。学務課と指導課を統合し、指導課に再編。学校改革推進課を新設 |
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| 6.1 | 全市立学校にて学校再開 |
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| 3.8.31 | 新型コロナウイルス感染症の感染拡大に伴い、全市立学校で分散登校を実施 |
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| 9.13 | 全市立学校で全学年登校・午前中短縮授業を実施 |
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| 9.27 | 全市立学校にて通常登校を再開 |
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| 5.4.1 | 学校改革推進課を教育改革推進課へ名称変更。青少年教育課を放課後児童育成課（計画班、育成班）と地域教育推進課（地域教育班、金峰山班）に再編 |
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| | 千原台高校の普通科・情報科を健康スポーツ探究科・情報ビジネス探究科へ改編 |
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| | 総合ビジネス専門学校の総合ビジネス科をキャリア創造学科へ改編、OA経理科を廃止 |
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| 6.4.1 | 指導課を再編し、学務支援課を新設 |
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| | 必由館高校の普通科を文理総合探究科へ改編 |
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| | 県市連携で運営する県立夜間中学（ゆうあい中学校）が開校 |
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| 7.4.1 | 金峰山少年自然の家を「金峰山自然の家（愛称：ヤマガレビレッジ）」と改称、指定管理者による運営へと移行しリニューアルオープン |
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| 8.7.28 | 令和8年熊本地震発生 |
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