指定医療機関の申請について
難病の患者に対する医療等に関する法律における、難病の患者の方に対する医療費助成制度においては、都道府県知事又は指定都市の市長から指定を受けた医療機関（「指定医療機関」といいます。）が行う医療（特定医療）に限り、指定難病医療受給者の方が助成を受けることができます。
このため、指定難病患者の診療等を行っている医療機関におかれましては、指定医療機関の申請手続きをお願いします。
■ 指定医療機関の種類
・病院
・診療所
・薬局
・健康保険法に規定する指定訪問看護事業者
・介護保険法に規定する指定居宅サービス事業者（訪問看護を行う者に限る）
・介護保険法に規定する指定介護予防サービス事業者（介護予防訪問看護を行うものに限る）
■ 指定医療機関の要件
・以下の欠格要件に該当しないこと
○ 申請者が拘禁刑以上の刑に処せられ、その執行を終わり、又は執行を受けることがなくなるまでの者であるとき
○ 難病の患者に対する医療等に関する法律等により罰金刑に処せられ、その執行を終わり、又は執行を受けることがなくなるまでの者であるとき
○ 指定医療機関の指定を取り消され、5年を経過していないとき など
■ 指定医療機関の責務等
指定医療機関は、特定医療を提供するに当たっては、支給認定を受けた指定難病の患者の療養生活の質の維持向上を図るために良質かつ適切な特定医療を行わなければなりません。 指定医療機関の診療方針は健康保険の診療方針の例によります。
指定医療機関は、特定医療の実施に関し、市長の指導を受けなければなりません。
■ 指定医療機関の指定に関する申請
1．提出された申請を受けて、指定後、熊本市から指定通知書を交付します。なお、指定しなかった場合も、その旨を通知します。2．指定を決定した後は、指定医療機関の名称、所在地などを熊本市ホームページにて公表します。
3．指定医療機関は、6年ごとに更新を受けなければなりません。 4．指定医療機関は、次の事項に変更があった場合は、市長に届け出る必要があります。- ・ 業務を休止、廃止又は再開した場合
- ・ 医療法等による命令等を受けた場合
■ 指定医療機関の指定スケジュール
申請手続き後に、指定を受けるまでの流れは以下のとおりとなります。
(1) 医療機関の新規開設の場合（5月1日開設）
(2) 既存の医療機関を廃止して新規開設の場合（4月30日廃止、5月1日開設）
毎月、申請月の月末に決定を行い、決定日の翌月1日からの指定となります。そのため、開設時点からの指定を受けられたい場合は、開設日の前月までに申請手続きをお願いいたします。（原則、遡及した指定は出来ませんのでご了承ください。）
- 【申請の受付窓口】
- 申請は、窓口へ郵送又は持参して提出ください。
- 熊本市保健所 医療対策課 難病対策班
- 〒862-0971 熊本市中央区大江5丁目1番1号 ウェルパルくまもと4F
- TEL 096-364-3300 FAX 096-371-5172
【WEB申請】
申請内容ごとに各フォームからご申請ください。（※申請様式をダウンロードしていただき、必要事項を記入の上、入力した様式をアップロードしてください。）
新規申請・更新申請に関する様式
廃止・休止・再開・辞退の届出に関する様式
・ 
指定医療機関 廃止・休止・再開届（各医療機関共通）20190501
- ・ 指定医療機関 辞退届（各医療機関共通）20190501
- WEB申請：【指定難病】指定医療機関廃止、休止、再開、辞退届出フォーム
（外部リンク）
指定医の申請について
難病指定医（協力難病指定医）について
難病の患者に対する医療等に関する法律における、難病の患者の方に対する医療費助成制度においては、医療費助成の申請を行う際に必要な診断書（臨床調査個人票）は、都道府県知事又は指定都市の市長から「指定医」の指定を受けた医師が作成しなければなりません。 指定医には、診断書の作成区分に応じて、「難病指定医」と「協力難病指定医」の2種類があり、要件等は次のとおりです。
■ 難病指定医と協力難病指定医の要件
【難病指定医（新規申請用及び更新申請用の診断書のいずれも作成可能です）】
【協力難病指定医（更新申請用の診断書のみ作成可能です）】
次の（1）（2）（3）の全ての要件を全て満たすこと
（1）診断又は治療に5年以上従事した経験を有すること
（2）診断書を作成するのに必要な知識と技能を有すること
（3）都道府県知事又は指定都市の市長が行う研修を修了していること
■ 指定医の指定に関する申請
1．指定後、市から指定通知書を交付します。なお、指定しなかった場合も、その旨を通知します。 2．指定後、次の項目を熊本市ホームページにて公表します。
（1）指定医の氏名、（2）主たる勤務先の医療機関名、（3）担当する診療科名、（4）指定期間
3．指定医は、5年ごとに指定医の区分に応じた都道府県又は指定都市が行う研修を受ける必要があります。
（※専門の資格を有する難病指定医は除きます。）
4．指定医は、次の事項に変更があった場合は、市長に届け出る必要があります。
（1）氏名、（2）連絡先、（3）担当する診療科名、
（4）主たる勤務先の医療機関の名称及び所在地等
※熊本市から市外（県外）の医療機関に勤務先が変わる場合、熊本市に主たる勤務先の変更を届けて、異動先の都道府県（指定都市）へ新規申請を行う必要があります。
また、逆に市外（県外）から熊本市の医療機関に変わる場合、都道府県（指定都市）に主たる勤務先の変更を届けて、熊本市へ新規申請を行ってください。
5．指定医は、医師をやめる場合や難病の指定医をやめる場合は、市長に辞退届を提出する必要があります。
指定医の指定スケジュール
申請手続き後に、指定を受けるまでの流れは以下のとおりとなります。
○4月1日から指定を受けたい場合
毎月、申請月の翌月1日に決定を行い、決定日以降の指定となります。そのため、指定を受けたい期日がある場合は、その期日の前月までに申請手続きをお願いいたします。（原則、遡及した指定は出来ませんのでご了承ください。）
【申請の受付窓口】 申請は、窓口へ持参又は郵送で提出ください。 熊本市保健所 医療対策課 難病対策班- 〒862-0971 熊本市中央区大江5丁目1番1号 ウェルパルくまもと4F
TEL 096-364-3300 FAX 096-371-5172【WEB申請】 申請内容ごとに各フォームからご申請ください。（※申請様式をダウンロードしていただき、必要事項を記入の上、入力した様式をアップロードしてください。）
新規申請・更新申請に関する様式
・ 
指定医（指定・指定更新）申請書20201001 （エクセル：38.2キロバイト）
WEB申請：【指定難病】指定医（指定・指定更新）申請フォーム（外部リンク）
変更の届出に関する様式
・ 指定医変更届出書20201001 （エクセル：34.6キロバイト）
WEB申請：【指定難病】指定医変更届出フォーム（外部リンク）
辞退の届出に関する様式
- ・ 指定医辞退届20201001 （エクセル：16.5キロバイト）
- WEB申請：【指定難病】指定医辞退届フォーム（外部リンク）
この研修は、厚生労働省が運用する以下のオンライン研修サービスを利用して実施しますので、指定をご希望の医師はご利用ください。
※難病指定医向けオンライン研修については、下記リンク先へ
指定難病等診断書のオンライン化について
厚生労働省により、令和5年10月から次期小児慢性特定疾病データベース、令和6年4月から次期指定難病データベースの運用が開始され、診断書のオンライン登録（難病・小慢DB)が始まりました。
指定医の皆さまにおかれましては、診断書（意見書）のオンライン登録に向けてご理解・ご協力の程よろしくお願いします。
難病・小慢DBの利用にあたり、指定医・指定医療機関等の皆さまに関連する情報を掲載いたしますので、ご確認をお願いします。
〇厚生労働省ホームページに次期DBに関する周知ページが作成されましたので、お知らせいたします。
厚生労働省ホームページ（外部リンク）
難病指定医ID・PW交付申請について
診断書のオンライン登録をするためには、ID・パスワードが必要となります。登録の希望をされる場合にはID・パスワードの交付申請をお願いいたします。
(1)申請単位
医療機関単位で申請
(2)対象の指定医
熊本市に所在する医療機関を主たる勤務先とする本市で指定済の難病指定医・協力難病指定医
(3)申請方法
次の申請様式（提出ファイル）にご入力いただき、熊本県・市町村共同システム電子申請サービスで申請ください。提出の際は申請様式のファイル名を下記のとおり設定していただくようお願いします。
・ 提出ファイル （エクセル：57.8キロバイト）
・ファイル名：「●●病院_申請日YYYYMMDD_医療機関ユーザデータファイル」
（例）令和6年(2024年)1月31日に申請する場合
「〇〇病院_20240131_医療機関ユーザデータファイル」
申請はこちら
WEB申請：【指定難病】指定医ID・PW交付申請フォーム （外部リンク）
【お知らせ】 臨床調査個人票・医療意見書登録のオンライン化について
厚生労働省より、診断書（指定難病は「臨床調査個人票」、小児慢性特定疾病医療は「医療意見書」）登録のオンライン化について情報提供がありましたので、お知らせいたします。
指定難病及び小児慢性データベースのシステム更改に関する情報(令和4年6月更新)
厚生労働省において、臨床調査個人票（診断書）データ登録のオンライン化により、指定医及び都道府県、指定都市の事務負担軽減等を図ることを目的とし、データベース等の構築が進められています。
難病指定医（協力難病指定医）が所属する医療機関におかれましては、次期データベースの利用に向けて院内システムの改修等が想定されるため、厚生労働省より公表されています概要をお知らせいたします。今後のデータベースに係るスケジュールや想定される医療機関でのフローについて、下記のファイルを御参照ください。
（概要）
臨床調査個人票・意見書については、今後、難病・小慢データベースにて作成し登録、または、院内PC上で作成されたデータを用いて登録を行っていただく予定です。
【現行】
・指定医は診断書を手書きで作成、または院内システム等コンピュータ上で作成する。
・その後、患者は診断書および申請書を自治体へ提出し、自治体は疾病登録センターへ診断書を郵送する。疾病登録センターにてテキストデータ化して新システムに登録する。
【新】
・指定医はインターネット接続のPC端末から難病・小慢DBにアクセスし、画面上で診断書を作成し登録する。
・院内システムを導入している医療機関では、院内システムにより診断書を作成し、院内システムから診断書データを掃き出してインターネット接続のPC端末から難病・小慢 DBに登録することも可能。
・その後、患者は現行同様に診断書および申請書を自治体に提出し、自治体は診断書に記載されたアクセスキーから難病・小慢DBの診断書データを取得して審査を実施。審査結果を難病・小慢 DB に登録する。
難病小慢DB更改に関する設計状況の情報共有2022年2月版 （PDF：2.16メガバイト）
別添資料 要件定義書（別紙（要件定義）2-6業務フロー図（指定医ID払い出し））2022年2月版 （PDF：340.5キロバイト）
熊本市指定難病等診断書オンライン化支援事業について
令和7年度熊本市指定難病等診断書オンライン化支援事業補助金交付申請の受付について
熊本市では、指定医が勤務する医療機関が診断書のオンライン登録の実施に向けて行うシステム環境整備に対して、費用の一部を補助する事業を実施しています。
今年度の補助金交付を希望される医療機関は、下記に留意のうえ、必要書類をご提出ください。
事業概要と補助金交付までの流れ
熊本市指定難病等診断書オンライン化支援事業補助金交付要綱（PDF：345.5キロバイト）
補助金交付までの流れ| | 手続き | 流れ | 手続きの内容 |
|---|
| 1 | 補助金交付申請 | 医療機関→熊本市 | 補助金交付申請書等の提出
※提出期限：令和7年11月28日（金） 必着 |
| 2 | 補助金交付決定 | 熊本市→医療機関 | 補助金交付決定通知書の送付
※送付時期：令和7年12月中～下旬頃 |
| 3 | 補助事業実施 | 医療機関 | ・オンライン登録に使用するPC等の購入
・院内システムの改修 |
| 4 | 事業実績報告 | 医療機関→熊本市 | 事業実績報告書等の提出
※提出期限：補助事業終了後30日を経過する日又は令和8年3月31日
（火）のいずれか早い日 必着 |
| 5 | 補助金交付額確定 | 熊本市→医療機関 | 交付確定通知書の送付 |
| 6 | 補助金請求 | 医療機関→熊本市 | 補助金の請求 |
| 7 | 補助金振込 | 熊本市→医療機関 | 補助金の振込 |
補助対象者
熊本市内において難病指定医または小児慢性特定疾病指定医が勤務する医療機関
補助対象経費
（1）診断書のオンライン登録に使用するパソコン等の購入費
診断書の内容を指定難病・小児慢性特定疾病データベースに直接入力するための、インターネット接続用端末購入に係る費用
【例】パソコン、プリンター、USB媒体、wi-fiルーター、タブレット 等
※本事業のみで使用するものに限ります。
※プリンター、USB媒体等のパソコン周辺機器に関しては、パソコンとの抱き合わせでの購入に限らず単体での購入も補助対象です。
※ただし、wi-fiの月額料金、パソコンの月々の保証等のランニングコストに関しては補助対象に含まれません。
（2）院内の業務システムの改修費
※システムの維持管理に係る経費は補助対象に含まれません。
補助額
対象経費の2分の1（上限額5万円）
【例1】対象経費が6万円の場合 → 3万円（1/2の額）を補助します。
【例2】対象経費が12万円の場合 → 5万円（上限額）を補助します。
※算出された額に千円未満の端数が生じた場合は、これを切り捨てるものとします。
提出書類
（1）補助金交付申請
・
（様式第1号-2）事業実施計画（報告）書（ワード：25.7キロバイト） ・見積書等
・購入物の写真（物品購入の場合）
・システム改修によりオンライン登録のシステム導入が完了したことを確認できる写真又は書類の写し等（システム改修の場合）
・交付（変更）決定通知書の写し
（4）仕入控除税額報告書
・ （様式第8号）補助金仕入控除税額報告書（ワード：18.7キロバイト）
留意事項
（1）過年度の交付を含めて1医療機関につき1回限りの交付とし、複数回の交付はできません。
（2）難病指定医と小児慢性特定疾病指定医の両方が在籍する医療機関について、重複しての申請は認められません。
（3）補助金交付申請の際には経費額についての見積書の提出が、事業実績報告の際には補助事業に要した経費の精算に関する書類（領収書等）の添付が必要ですので、適切に保管してください。
（4）本補助金で取得したパソコン等については、指定難病・小児慢性特定疾病データベースへの診断書のオンライン登録にのみご利用ください。
（5）国予算の制約上、予算の範囲内において補助金を交付するものであり、補助金交付を確約するものではありません。
（6）国の補助金交付内示（令和7年3月31日）前に支出した費用は対象外となります。
（7）当該補助事業は国事業であり、令和8年度以降の事業継続は未定です。
補助金交付申請期限
令和7年（2025年）11月28日（金） 必着
提出先
〒862-0971 熊本市中央区大江5丁目1番1号
熊本市保健所医療対策課難病対策班
オンライン登録用のID・PWについて
診断書のオンライン登録をするためには、ID・パスワードが必要となります。別途ID・パスワードの交付申請を行ってください。
詳しくは、このページの上段にある「難病指定医ID・PW交付申請について」をご参照ください。
指定医療機関・難病指定医（協力難病指定医）のみなさまへ
特定医療費（指定難病）に係る指定医療機関及び難病指定医（協力難病指定医）のみなさまに関連する情報をまとめていますので、必要な項目についてご確認ください。
令和5年10月1日から指定難病の医療費助成開始時期が変更になりました
難病の患者に対する医療等に関する法律の改正（令和5年10月1日施行）により、難病患者に対する医療費助成について、助成開始の時期が申請日から「重症度分類を満たしていることを診断した日」に変更になりました（軽症高額対象者については、軽症高額の基準を満たした日の翌日に変更になりました）。
ただし、申請日からの遡りの期間は原則1か月となり、やむを得ない理由がある場合は最長3か月となります（やむを得ない理由：診断書（臨床調査個人票）の受領に時間を要した、診断後すぐに入院することになった、大規模災害に被災した など）。
※令和5年10月1日より前に遡ることはできません。
画像の説明を記述します。
【難病指定医及び協力難病指定医のみなさまへ】
特定医療費の支給開始日を確認するため、指定難病の臨床調査個人票に「診断年月日」欄が追加されます。
臨床調査個人票の「診断年月日」欄には「当該臨床調査個人票に記載された内容を診断した日」を記載いただきますようお願いいたします。
●令和5年10月1日以降に使用する臨床調査個人票の様式は次のとおりです。
厚生労働省通知等（新型コロナウイルス感染症関係について）
新型コロナウイルス感染症関係における公費負担医療の取扱いに係る厚生労働省からの通知等について掲載しています。
○【厚生労働省】自治体・医療機関向けの情報一覧（新型コロナウイルス感染症）（外部リンク）
指定医療機関のみなさまへ
指定医療機関のみなさまが必要な情報について掲載しています。 指定申請については最上部のタブ（指定医療機関の申請について）をクリックしてご確認ください。 難病指定医（協力難病指定医）のみなさまへ
難病指定医（協力難病指定医）のみなさまが必要な情報について掲載しています。 指定申請については最上部のタブ（指定医の申請について）をクリックしてご確認ください。○難病指定医オンライン研修について○【指定難病】臨床調査個人票の作成にかかる留意事項について