清水校区は、北区の最南部、中央区との境に位置しています。
校区の西側では、南北に熊本電鉄鉄道や国道3号線が通り、その沿線には小売店や飲食店のほか、清水まちづくりセンターや郵便局、銀行の支店もあり、交通の便も良く住みやすい地域です。また、医療機関も多く見られ、市営団地、県営団地をはじめとした集合住宅も多く立地しています。
また、校区の南西部に位置する坪井川遊水地公園では、市民農園を整備しており、清水小学校の児童がさつまいも植え・掘りを体験したり、市民農園横の池には初夏に睡蓮の花が咲いたりと、季節を感じる風景が身近にあります。
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